หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล เป็นประธานศาลปกครองสูงสุดในช่วงวิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2556–2557 ซึ่งเขามีส่วนในการตัดสินคดีที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในรัฐบาล ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร เนื่องจากเขาเป็นตุลาการเสียงข้างมากที่มีมติให้คำสั่งย้ายนาย ถวิล เปลี่ยนศรี ไม่ชอบด้วยกฎหมาย[4] โดยให้มีคำสั่งคุ้มครองย้อนไปในอดีตตั้งแต่ที่ ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร มีคำสั่งนายกรัฐมนตรี ส่งผลให้ นาย ไพบูลย์ นิติตะวัน สมาชิกวุฒิสภาสรรหา ร้องต่อศาลรัฐธรรมนูญ และศาลรัฐธรรมนูญมีคำพิพากษาให้ ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร พ้นจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี[5]ภายหลังจากการตัดสินคดีนี้ ส่งผลให้เกิดความไม่พอใจในกลุ่มนปช. และนักการเมืองพรรคเพื่อไทย นอกจากนั้น เขาเคยมีส่วนในการตัดสิน คดีเขาพระวิหาร โดยมีมติเสียงข้างมากถอดถอนมติคณะรัฐมนตรี นายสมัคร สุนทรเวช[6]และ คดีมาบตาพุด

โดย โภคิน พลกุล[7]อดีตรองประธานศาลปกครองสุงสุด แสดงความเห็นว่าศาลมีอคติและสนับสนุนการล่ารายชื่อถอดถอนตุลาการศาลรัฐธรรมนูญ[8]ทั้งนี้สื่อมวลชนรายงานว่ารัฐบาลในขณะนั้นพยายามแทรกแซงตุลาการศาลปกครองโดยพยายามเสนอชื่อ ดร.ชาญชัย แสวงศักดิ์ ที่มีความใกล้ชิดกับ โภคิน พลกุล เนื่องจากเป็น เพื่อนที่ทำงานที่ คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยรามคำแหง ด้วยกัน เป็นประธานศาลปกครองสูงสุดแทน[9]

โดยในวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2557 ในระหว่างที่รัฐบาลประกาศ พระราชบัญญัติการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร พ.ศ. 2551 ศูนย์อำนวยการรักษาความสงบเรียบร้อย ได้แถลงประณาม ผศ.ดร. หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล ประธานศาลปกครองสูงสุด[10]กรณีจดหมายของนาย ดิเรกฤทธิ์ เจนครองธรรม เลขาธิการศาลปกครอง กรณีฝากตำแหน่งนายตำรวจยศ พันตำรวจโท ชูธเรศ ยิ่งยงดำรงสกุล ซึ่งเป็นกรณีไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อนที่ศูนย์อำนวยการรักษาความสงบเรียบร้อย ออกมาตำหนิศาลปกครองในฐานะตัวแทน คณะรัฐมนตรีไทย คณะที่ 60 และใน วันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2557 เรืองไกร ลีกิจวัฒนะ ในฐานะตัวแทนพรรคเพื่อไทย ได้ยื่นเรื่องให้ตรวจสอบจริยธรรม ผศ.ดร.หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล และ นาย ดิเรกฤทธิ์ เจนครองธรรม[11]กับผู้ตรวจการแผ่นดิน

ก่อนนำไปสู่ กรณีคณะกรรมการตุลาการศาลปกครองสั่งพักราชการในวันที่ 31 มีนาคม พ.ศ. 2558[12]และสั่งปลด หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล ประธานศาลปกครองเมื่อวันที่ 24 กันยายน พ.ศ. 2558 ส่งผลให้เขาพ้นจากตำแหน่งโดยการลงโทษให้ออกจากราชการ กรณีดังกล่าวเป็นที่กรณีที่ได้รับความสนใจมากเนื่องจากโทษปลดออกจากราชการนั้นร้ายแรงมาก และมีข้อสังเกตจาก นักกฎหมาย อาทิ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.กิตติศักดิ์ ปรกติ คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เห็นว่า อดีตประธานศาลปกครองไม่มีความผิด แต่เป็นแค่ความเชื่อว่าเขาผิด เนื่องจาก ถ้อยแถลงของคณะกรรมการตุลาการศาลปกครองที่ว่า แม้ไม่ปรากฏชัดว่า ผู้ถูกกล่าวหาได้มอบหมายให้เลขาธิการไปวิ่งเต้นให้นายตำรวจ แต่อ้างพยานหลักฐาน ซึ่งเห็นว่า มีส่วนรับทราบและรู้เห็นเป็นใจนั้น เป็นอีกจุดหนึ่งที่น่าสงสัย มันกลายเป็นตัดสินว่าแม้เขาไม่ได้กระทำผิด แต่เราเชื่อว่า คุณผิด และมีความพยายามถ่วงเวลาในการตรวจสอบตามวินัยจากปกติใช้เวลาตรวจสอบ 60 วัน เป็น 180 วัน[13]

วันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2558 หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล ฟ้องร้องคดีอาญาตุลาการศาลปกครองสองราย ได้แก่ ดร.ชาญชัย แสวงศักดิ์ และ รศ.ดร.วิษณุ วรัญญู

วันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2558 มีการตั้งคณะกรรมการสอบวินัย กรณีถูกกล่าวหาว่าขณะดำรงตำแหน่งประธานศาลปกครองสูงสุด มีพฤติกรรมใช้รถยนต์ส่วนกลางไม่ชอบด้วยระเบียบคณะกรรมการข้าราชการฝ่ายศาลปกครอง ว่าด้วยรถราชการ พ.ศ. 2544[14]

ในขณะที่ ศาสตราจารย์ ดร.วรพจน์ วิศรุตพิชญ์ ให้สัมภาษณ์ว่าเขาเอือมระอาความขัดแย้งในองค์กรศาลปกครองมาก กล่าวตอนหนึ่งว่า ผมว่า ก่อนที่จะตำหนิคนอื่นเขา คณะกรรมการศาลปกครอง พิจารณาตัวเองซะก่อนดีไหม ว่าตัวเองดีพอหรือยัง มันไม่สง่างามหรอก ถ้าคุณเคยทำ แล้วก็ไปติเตียนเขา คุณต้องอยู่เฉยๆ แล้วปล่อยให้คนที่เขาไม่เคยทำจดหมายน้อยเป็นคนติเตียน แบบนั้นจึงสวย คุณอยากรู้ไหมว่า ในศาลปกครอง มีจดหมายน้อยกี่ใบ ซึ่งเป็นการออกมาสัมภาษณ์ว่าตุลาการศาลปกครองคนอื่นก็เคยทำผิดในลักษณะเดียวกัน

หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล ยังมีจุดยืนว่า คณะกรรมการศาลปกครองควรพ้นไปตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 เนื่องจากเกิด รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 ในหนังสืออนุสรณ์งานพระราชทานเพลิงศพ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร. หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล แสดงความคิดเห็นว่ารัฐบาลพรรคเพื่อไทยและพรรคพลังประชาชน มีความไม่พอใจเขาการในการตัดสิน คดีมาบตาพุด จนนำมาสู่การที่ คณะรัฐมนตรีไทย คณะที่ 60 ให้ ศูนย์อำนวยการรักษาความสงบเรียบร้อย ออกมาตำหนิเขาและเรื่องจดหมายน้อยนั้น เขาไม่ทราบเรื่อง และเป็นเรื่องที่ นาย ดิเรกฤทธิ์ เจนครองธรรม กระทำเมื่อ 1 ปีที่แล้ว เขาให้สัมภาษณ์ลงหนังสืออนุสรณ์งานพระราชทานเพลิงศพว่า เรื่องนี้ตลกมาก